Recherche reproductible en écologie numérique

Formation FRB-Cesab / GdR EcoStat

Nicolas Casajus https://nicolascasajus.fr (FRB CESAB)https://www.fondationbiodiversite.fr/la-fondation/le-cesab/ , Stéphane Dray https://lbbe.univ-lyon1.fr/fr/annuaires-des-membres/dray-stephane (CNRS LBBE)https://lbbe.univ-lyon1.fr/fr , Olivier Gimenez https://oliviergimenez.github.io (CNRS CEFE)https://www.cefe.cnrs.fr/fr/ , Loreleï Guéry https://orcid.org/0000-0003-3004-8462 (CIRAD PHIM)https://umr-phim.cirad.fr/ , François Guilhaumon https://fguilhaumon.gitlab.io/ (IRD MARBEC)https://umr-marbec.fr/ , Nina Schiettekatte http://www.criobe.pf/pro/personnel/doctorants/nina-schiettekatte/ (EPHE CRIOBE)http://www.criobe.pf/
12-02-2021


Cette formation de cinq jours, co-organisée par le Cesab de la FRB et le GdR EcoStat, a pour objectif de former de jeunes chercheurs / chercheuses aux outils de reproductibilité, de développement logiciel et de gestion de versions (R, git, markdown, tidyverse, docker) appliqués à la recherche en biodiversité.


Programme

Lundi 29 novembre 2021

       Accueil des participants
       Science ouverte et Recherche reproductible
       Research compendium
       Gestion des versions (git) et partage (GitHub)

Mardi 30 novembre 2021

       Manipulation de données (dplyr and co)
       Visualisation de données (ggplot2)
       Programmation lettrée (rmarkdown)

Mercredi 1 décembre 2021

       Optimisation du flux de travail (targets)
       Gestion des packages et versions (renv)
       Conteneurisation (Docker)
       Construction de package R

Jeudi 2 décembre 2021

       Projets en sous-groupes

Vendredi 3 décembre 2021

       Projets en sous-groupes (suite)
       Restitution orale des projets


Pré-requis

Les logiciels suivants devront être installés en amont de la formation : R (>= 4.0), RStudio et git. Consultez ce guide pour installer correctement ces logiciels.

Vous devrez également vous créer un compte sur GitHub.

Corrections

Si vous voyez des erreurs ou souhaitez apporter des changements, veuillez ouvrir un ticket (Create an issue) sur le dépôt GitHub de la formation.

Réutilisation

Sauf mention contraire, le contenu de ce site Web est placé sous licence Creative Commons Attribution CC BY 4.0. Le code source est diponible à : https://github.com/frbcesab/datatoolbox.

Citation

Casajus N, Dray S, Gimenez O, Guéry L, Guilhaumon F & Schiettekatte NMD (2021) Formation FRB Cesab / GdR EcoStat : Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique (Edition 2021). Zenodo. http://doi.org/10.5281/zenodo.4262978.